Trung tâm Điện tử y sinh, trường Đại học Bách Khoa Hà Nội hiện đã xây dựng được mối quan hệ hợp tác rất tốt với các đơn vị trong và ngoài nước trong quá trình đào tạo, nghiên cứu khoa học và chuyển giao công nghệ. Cụ thể:

Các đơn vị hợp tác trong nước

• Bệnh viện Bạch Mai;
• Bệnh viện E;
• Bệnh viện Quân y 108;
• Bệnh viện Hữu Nghị;
• Bệnh viện Tim Hà Nội;
• Bệnh viện Đa khoa tỉnh Vĩnh Phúc;
• Bệnh viện Đa khoa tỉnh Ninh Bình;
• Bệnh viện Đa khoa tỉnh Hà Nam;
• Bệnh viện Mắt TW;
• Công ty Thiết bị y tế Việt Nhật;
• Công ty Thiết bị y tế Việt Phan;
• Công ty Thiết bị y tế Minh Tâm;
• Công ty Thiết bị y tế Sagomed;
• Công ty Thiết bị y tế Thăng Long;
• Công ty Thiết bị y tế Olympus Vietnam;
• Công ty Thiết bị y tế Siemens Vietnam...

Các đơn vị hợp tác Quốc tế

• Trường Đại học Wisconsin-Madison, Mỹ;
• Trường Đại học Baylor, Texas, Mỹ;
• Viện nghiên cứu Sibaura, Nhật;
• PTN RAM-TNT, Pháp;
• Đại học Deakin, Australia;
• Tập đoàn BCE, China...